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造成系统误差的来源主要有以下几点：方法误差：方法误差指的是由于食品理化检验分析方法本身导致的误差，这个误差是不可避免的，因此经常会出现检验结果偏低或者偏高的情况。例如在食品理化检验中进行重量分析时，沉淀的溶解就容易导致误差;在滴定过程中没有反应完全，或者因滴定终点与计量点不相符而导致发生副反应;高温检验导致某些易挥发的物质出现了挥发现象。

人为误差这里所说的人为误差主要指的是在食品理化检验过程中由于检验人员的因素所导致的误差，主要表现在以下三个方面：操作误差：操作误差指的是在正常操作的情况下，由于食品理化检验人员主观因素导致的。例如检验人员由于对颜色观察的敏锐程度就会导致误差的出现;或者是在对食品试样进行称取时没有进行有效的保护，使食品试样出现了吸湿等情况;在洗涤沉淀时没有进行充分洗涤或者过分洗涤均会出现误差;在对食品进行灼烧沉淀时没有掌握好温度;在食品理化检验过程中使用滴定管漏液前如果没有进行润洗，则会产生挂液现象，在注入液体后容易导致使气泡残留在滴定管下端;检验人员在度数时仰视(或俯视)刻度等均会导致误差的出现。

食品安全检测机构相似度高、检验项目重复。我国现有食品安全检测机构约1100家，这些检测机构隶属于质检部门、门、门、食品药品监督管理部门、工商行政部门等。有些实验室之间从实验室设置、仪器种类甚至型号都相同，造成了很多检测机构的检验项目一致，仅检测的样品不同。如门的检测样品多为蔬菜、水果、谷物等初级农产品;质监部门的检测样品除原材料外，多为加工食品;FDA的检测多为餐饮原料乳、鱼、蛋、蔬菜、谷物等，以及部分餐饮产品。但这些检测项目都具有高度的相似性，都包括细菌和霉菌检测、化学污染检测，而且大部分检测机构都能对细菌学检验、农药残留、重金属、兽药残留等进行检测，而不能对等物质进行检测。