造成系统误差的来源主要有以下几点：方法误差：方法误差指的是由于食品理化检验分析方法本身导致的误差，这个误差是不可避免的，因此经常会出现检验结果偏低或者偏高的情况。例如在食品理化检验中进行重量分析时，沉淀的溶解就容易导致误差;在滴定过程中没有反应完全，或者因滴定终点与计量点不相符而导致发生副反应;高温检验导致某些易挥发的物质出现了挥发现象。
造成这种局面的根本原因是我们在食品安全管理中过分强调且依赖了检测的作用。即使检测方法很准确、检测样本很有代表性，但这种对产品的检测只能是事后发现问题食品，处理问题食品，却无法改变食品的安全性。因此，必须将食品安全检测延伸到食品生产企业，将检测作为工具，用于判断生产原材料、生产环境、生产工艺、包装材料、从业人员等各个环节是否能够保障食品的安全。这就好比一个患者测定血糖水平，其目的不在于知晓自身的血糖高低，而在于判断、饮食、运动等各个环节是否能够有效地控制血糖。
现如今食品安全已经成为了广大人民群众尤为关注的一个方面，而且以往的食品安全事件已经为人们敲响了警钟，只有做好食品质量与安全管理，才能够有效消除食品安全隐患，让广大人民群众吃到放心安全的食品。而食品微生物的检测就是查找食品安全隐患的重要措施，在具体的检测工作当中，必须注重多元方法的整合，保证规范的执行各个操作规程，落实检测工作职能，提升检测人员的总体素质，为人们健康食品的需求。
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